1926. Norbert Dragonneau rentre à peine d'un périple à travers le monde où il a répertorié un bestiaire extraordinaire de créatures fantastiques. Il pense faire une courte halte à New York mais une série d'événements et de rencontres inattendues risquent de prolonger son séjour. C'est désormais le monde de la magie qui est menacé.
Et à la fin :
Un jeune garçon nommé Croyance, possède en lui un obscurial (entité maléfique crée par les jeunes sorciers ayant réprimé leur magie à tel point qu'elle en devient néfaste et incontrôlable). Suite à une trahison de Percival Graves, Croyance va s'enfuir et détruire une partie de New-York avant de trouver refuge dans le métro. Il sera rejoint par Norbert Dragonneau qui veut le sauver et Percival Graves qui veut exploiter son pouvoir. Un affrontement s'engagera entre les trois hommes qui seront ensuite rejoint par les aurors. Finalement Croyance sera tué par les aurors.
Suite à cet affrontement, Norbert Dragonneau démasquera la mage noir Gellert Grindelwald, sous les traits de Percival Graves. Gellert Grindelwald sera alors emprisonné.
En 1926, Gellert Grindelwald, le puissant mage noir, a disparu depuis deux ans. Pourtant, la menace est toujours aussi pesante. Certains sorciers extrémistes pensent qu'il serait nécessaire de révéler l'existence des sorciers au monde moldu, afin d'affirmer leur domination « pour le plus grand bien ». Chez les Moldus, la secte des Fidèles de Salem sévit à New York, traquant les sorciers et sorcières pour les exterminer tous.
À New York, des événements étranges se produisent, provoquant la stupéfaction tant des Non-Maj' (terme américain pour Moldu) que des sorciers. Le directeur du département de la Justice magique du MACUSA (Magical Congress of the USA - Congrès magique des États-Unis d'Amérique), Percival Graves, enquête sur ces événements. On les décrit comme « une ombre avec des yeux », et tout laisse penser à un retour de Grindelwald même si Graves penche plutôt sur l'hypothèse d'une créature magique. En parallèle à son enquête, il demande à Croyance Bellebosse, le fils adoptif de Mary-Lou Bellebosse, fondatrice des Fidèles de Salem, de retrouver dans l'orphelinat de sa mère un enfant sorcier particulièrement puissant pour le lui confier.
Au fil du temps, Graves semble développer des idéologies similaires à celles de Grindelwald : il prône l'émancipation des sorciers par rapport au monde moldu, et l'enfant que Croyance doit lui remettre l'aidera à cela. Seulement, un soir, le sénateur Henry Shaw Jr., fils d'un riche éditorialiste, est assassiné durant une conférence par une force mystérieuse. Une réunion de crise est organisée au MACUSA : les représentants magiques de tous les pays sont réunis par Séraphine Picquery, Présidente du MACUSA. Mais l'assemblée est interrompue par l'arrivée de Porpentina Goldstein, ancienne Auror, avec une valise. Elle révèle que la veille est arrivé en ville Norbert Dragonneau, magizoologiste britannique, et que ses créatures se sont échappées.
À son arrivée à New York, Norbert a en effet laissé s'échapper son niffleur, qui a infiltré une banque et volé une somme colossale d'argent. En le récupérant, il est surpris par Jacob Kowalski, un Non-Maj' (Moldu) venu à la banque pour demander un prêt afin de pouvoir ouvrir une boulangerie, et qui a été refusé. Il échange sans le savoir sa valise et celle de Norbert. Lorsqu'il l'ouvre, c'est une catastrophe car celle-ci est magique et plusieurs des animaux qu'elle contient, occamy, demiguise, billywig, murlap, et éruptif, s'échappent. Norbert retrouve Jacob et les deux hommes sont ensuite hébergés par Porpentina et sa sœur Queenie, une legilimens, mais doivent leur fausser compagnie pour récupérer les animaux magiques. C'est en récupérant l'éruptif que Norbert et Jacob sont fait prisonniers dans la valise magique par Porpentina qui les mène au MACUSA. La présidente est formelle : la détention d'animaux d'élevage est interdite aux États-Unis. Porpentina, Jacob et Norbert sont enfermés, bien que Norbert reconnaisse les marques d'un obscurial - une entité maléfique crée par les jeunes sorciers ayant réprimé leur magie à tel point qu'elle en devient néfaste et incontrôlable - sur les victimes de la créature sévissant en ville.
Graves, comprenant que le danger rôde autour de New York, presse Croyance de lui retrouver l'enfant, et lui remet un collier représentant la marque de Grindelwald, le symbole des reliques de la Mort. Graves revient ensuite interroger Norbert, révélant la présence d'un obscurus, récupéré d'une jeune sorcière nigériane décédée, dans sa valise. Il fait condamner à mort Norbert et Porpentina, qui sont sauvés par Queenie et Jacob.
Le soir même, Mary-Lou Bellebosse est assassinée par la même force mystérieuse que celle qui a assassiné le sénateur Shaw. Soupçonnant d'abord Modesty Bellebosse, la sœur de Croyance, Graves va faire face à une révélation étonnante : l'obscurial qui sévit à New York est en réalité Croyance lui-même, ayant engendré un obscurial très puissant, puisque ceux-ci ne devraient pas pouvoir vivre au-dessus de dix ans et que Croyance en a une vingtaine. Refusant l'aide de Graves qui a trahi sa confiance, Croyance s'enfuit et saccage la ville, alors que Norbert et ses compagnons réunissent à peine toutes les créatures magiques dans la valise.
Refusant que les Aurors ou les policiers Non-Maj' ne fassent du mal à une créature magique, qu'elle soit dangereuse ou pas, Norbert part neutraliser Croyance, réfugié dans le métro new-yorkais. Il tente de le calmer et de gagner sa confiance, mais Graves engage un duel contre lui et ils sont rejoints par les Aurors qui détruisent Croyance. Comprenant certaines choses dans le discours tenu par Graves juste après la destruction de l'Obscurial, Norbert l'immobilise et révèle sa véritable identité : Gellert Grindelwald. Le mage noir est enfermé par le gouvernement magique américain, mais il promet de s'échapper pour une vengeance de très grande ampleur. Toute la population new-yorkaise a assisté à ce déchaînement de magie dans ses rues. Norbert relâche alors de sa valise son gigantesque « oiseau-tonnerre » (qui était le véritable but de son voyage en Amérique, dans la mesure où il comptait le libérer dans les paysages sauvages de l'Arizona) et le munit d'une fiole contenant une substance d'« oubliette ». L'oiseau s'envole, provoque un regroupement de nuages puis un déluge de pluie mêlée à l'oubliette. Ainsi, la mémoire des événements s'efface pour tous les habitants de la ville tandis que les Aurors réparent prestement tous les dégâts occasionnés par l'obscurial.
Jacob Kowalski, le Moldu qui a participé à toute l'aventure, devenu ami avec Norbert, Porpentina et surtout Queenie qui a un faible pour lui, doit lui aussi subir le sortilège d'oubliette sur ordre de la présidente Picquery qui ne tolère aucune exception. Il a le temps de dire au revoir à ses amis et d'embrasser Queenie avant que tout ne s'efface pour lui. Plus tard, alors qu'il a repris son travail dans une conserverie, il reçoit une valise contenant des coquilles d'œuf d'occamy en argent, envoyée par Norbert. Il peut ainsi ouvrir sa boulangerie à New York, qui va connaitre un succès fulgurant, notamment grâce à des pâtisseries prenant la forme des animaux fantastiques dont il est censé ne pas se souvenir. C'est alors que Queenie entre dans sa boulangerie, ils se sourient.
Norbert, quant à lui, quitte ses compagnons pour retourner en Europe, publier l'ouvrage sur les créatures magiques qu'il écrivait en parallèle de ses voyages, et avant d'embarquer sur le navire, promet à Porpentina de revenir lui en offrir un exemplaire en mains propres.
