Synopsis :
L'agence crypto-zoologique Monarch doit faire face à une vague de monstres titanesques, comme Godzilla, Mothra, Rodan et surtout le redoutable roi Ghidorah à trois têtes. Un combat sans précédent entre ces créatures considérées jusque-là comme chimériques menace d'éclater. Alors qu'elles cherchent toutes à dominer la planète, l'avenir même de l'humanité est en jeu…
Et à la fin :
Plusieurs années après l’émergence de Godzilla à San Francisco, le Dr Emma Russell et sa fille Madison sont emmenés par le terroriste écologique Alan Jonah et son équipe pour réveiller le roi Ghidorah, le dragon à trois têtes, à l’aide d’un dispositif créé par Emma, appelé The Orca, qui émet des fréquences utilisées pour communiquer avec les Titans. Jonah a été témoin des capacités de l'Orca quand Emma l'utilise pour apprivoiser un Mothra (Sorte de papillon géant) nouvellement éclos.
L'ex-mari d'Emma, Mark, a rejoint l'équipe de scientifiques et de soldats de Monarch pour empêcher Jonah d'obtenir ce qu'il veut, mais il est trop tard et Emma libère Ghidorah. La bête se déchaîne et abat Godzilla. Emma révèle à Mark qu'elle travaille avec Jonah pour libérer les Titans sur la Terre afin de rétablir l'équilibre. Après avoir libéré Rodan (ptérodactyle géant) de son volcan, il tue tout un escadron de soldats avant de se battre et de perdre face à Ghidorah. Le dragon à trois têtes établit ensuite sa domination, amenant les autres Titans à se lever et à faire des ravages.
L'armée tire une bombe qui affaiblit considérablement Godzilla. Il récupère sous terre, mais Monarch sait qu'une arme nucléaire accélérerait le processus de guérison. Le Dr Serizawa se rend volontairement là-bas pour se sacrifier afin d'aider Godzilla à se relever.
Après avoir constaté les torts qu'elle a causés, Emma rompt ses liens avec Jonah et se rend à Boston chercher Madison après avoir pris l'Orca à Fenway Park pour appeler les Titans. Cela mène à une bataille épique entre Godzilla et Mothra contre Ghidorah et Rodan. Mothra bat Rodan, mais comme Ghidorah affaiblit Godzilla, elle se sacrifie pour être vaporisée par Ghidorah, ce qui permet à son essence de renforcer le pouvoir de Godzilla. Emma reste derrière pour éloigner Ghidorah de Godzilla avec l'Orca, perdant ainsi sa vie. Godzilla émet alors une impulsion nucléaire à partir de l'arme nucléaire qui lui donne assez de puissance pour faire frire complètement Ghidorah. Les autres Titans viennent alors s'incliner devant Godzilla, leur nouveau chef.
Les crédits indiquent qu'un œuf de Mothra a été trouvé, alors que les choses se préparent pour que Godzilla puisse combattre Kong. Pendant ce temps, une des têtes de Ghidorah est donnée à Jonah pour une expérience.